L’analisi dello strato più profondo della cornea, cioè di quello strato di cellule simili ad un pavimento piastrellato fondamentale per mantenerne la trasparenza, può essere realizzato con il microscopio confocale o meglio con uno strumento dedicato cioè il microscopio confocale. Questo apparecchio fotografa ed analizza pochissimi micron di spessore ed evidenzia perfettamente questo strato di cellule permettendo grazie ad un software specifico di estrapolare diversi dati quali numero di cellule per mm, forma e variazioni. Importantissimo nella valutazione della riserva di funzionalità della cornea e nella programmazione di interventi chirurgici.